RT-PCR 可以按一步法或两步法进行。一步法检测是在一个反应管和缓冲液中进行反转录和PCR,同时使用反转录酶和 DNA 聚合酶。一步法 RT-PCR 仅使用序列特异性引物。在两步法中,反转录和 PCR 扩增步骤在独立的管中进行,采用不同的优化缓冲液、反应条件和引物策略。

了解:一步法与两步法 RT-PCR

Diagram showing the difference between one-step and two-step RT-PCR

图 1.一步法与两步法 RT-qPCR。

什么是一步法 RT-PCR?

顾名思义, 一步法 RT-PCR  将第一链 cDNA 合成 (RT) 和后续 PCR 合并在一个反应管中。这种反应设置可以帮助简化您的工作流程,减少变化并且最大限度减少可能的污染。一步法 RT-PCR 可以轻松处理大量样品,使其适用于高通量应用。然而,一步法 RT-PCR 使用基因特异性引物进行扩增,将分析限制于每份 RNA 样品的几个基因。由于反应是反转录条件与 PCR 扩增条件之间的折衷,所以一步法 RT-PCR 可能在某些情况下不太灵敏、不太高效。不过,RT-PCR 中使用基因特异性引物可以最大限度地提高目标cDNA的产量,并最大限度地减少背景扩增。

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什么是两步法 RT-PCR?

两步法 RT-PCR 包含两个独立反应,首先进行第一链 cDNA 合成 (RT) ,然后在另一个单独的反应管中扩增第一步所得的 cDNA。因此,两步法 RT-PCR 可用于检测单个 RNA 样品中的多个基因。RT 反应和 PCR 反应的分离允许优化每个步骤的反应条件,并且在反转录引物 (Oligo (dT) 引物、随机六聚体或基因特异性引物)和 PCR 设置 (例如 DNA 聚合酶选择和 PCR 组分) 方面具有灵活性。与一步法 RT-PCR 相比,两步法 RT-PCR 的缺点包括工作流程延长、步骤增多、样本处理和操作增加,并可能增加污染和结果变异的机会。

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表 1.一步法与两步法 RT-PCR 比较

 一步法 RT-PCR两步法 RT-PCR
设置在支持反转录和 PCR 的条件下的合并反应针对反转录和 PCR 的单独优化反应
引物基因特异性引物选择 Oligo (dT)随机六聚体或基因特异性引物
理想用途分析几个基因;高通量平台多基因分析
优势
  • 实验变异少,因为两种反应都发生在同一管中
  • 移液步骤更少有助于降低污染风险
  • 适用于高通量扩增/筛选 
  • 快速并且高度可重复
  • 生成一个稳定的 cDNA 库,可以长时间保存并用于多种反应
  • 目的基因和内参基因可以从相同的 cDNA 库中扩增,而不需要多重扩增
  • 优化的反应缓冲液和反应条件可用于每个单独的反应
  • 引物选择灵活
缺点
  • 不能独立优化两种反应
  • 灵敏度不如两步法,因为反应条件是两种合并反应之间的折衷
  • 每份样品检出靶标较少
  • 使用多个反应管和移液步骤会使反应面临更高的 DNA 污染风险
  • 耗时
  • 比一步法需要更多优化

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仅供科研使用,不可用于诊断目的。