Qubit4-RNA-iQ-starter-kit-reagents-out1b

快速准确的RNA质量及完整性评估

最新的Invitrogen Qubit RNA IQ试剂盒及Qubit 4荧光定量仪结合使用,仅需2步即可准确区分完整RNA和降解RNA。无需特别处理和繁琐的样品制备,不必花时间等待结果——仅需添加1 µL样品即可在5秒钟内获得结果。

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基于简单的双染料检测以获取质量及完整性数据

Qubit RNA IQ检测使用了两种独特的染料—一种可特异性与大片段、完整性好或具有高级结构的RNA结合,而另一种可选择性与小片段、降解的RNA进行结合(图1)。 因此,二者相结合便可对RNA样品的质量及完整性进行快速的评估。 当使用时,仅需将样品加入到RNA IQ工作缓冲液中,即可在Qubit 4荧光定量仪上完成测定。 检测将会提供一个RNA样品的完整性、质量或者RNA IQ#的总数值,以及样品中的大片段RNA及小片段RNA的百分比( 图2)。 类似于其他RNA质量评分系统,RNA IQ#也会提供1-10的打分结果,而越大的IQ#则意味着样品中存在着越多的大片段或具有高级结构的RNA。 相反,越小的IQ#则意味着样品中的RNA主要由小RNA或三级结构不完整的RNA所组成( 图3)。


图 1. 适用于不同大小RNA的RNA IQ试剂选择性。 通过Qubit RNA IQ试剂盒在Qubit 4荧光定量仪上检测三组含有100 ng/mL rRNA(E.coli)的重复样品以及不同浓度(0到50 ng/μL)的siRNA样品(Q33221Q33222)。 根据这些样品的相对荧光单位(RFU)(A)以及 IQ#(B)绘制散点图。  
 

Qubit 4 Fluorometer and Qubit RNA IQ Assay results

图 2. Qubit 4荧光定量仪及Qubit RNA IQ检测试剂盒结果。
 

图3 含有不同大小RNA浓度溶液的Qubit RNA IQ荧光结果及IQ#。 通过Qubit RNA IQ检测试剂盒检测三组由小RNA (Silencer Select GAPDH siRNA)以及大RNA (rRNA,E.coli)所组成的总量100ng/mL RNA溶液重复样品。 (货号: Q33221Q33222),Qubit 4荧光定量仪结果。 根据这些样品的相对荧光单位(RFU)(A)以及 IQ#(B)绘制散点图。

Qubit 4荧光定量仪与RNA IQ检测试剂盒相结合

我们最新的Qubit荧光定量仪—Qubit 4,在所有之前Qubit定量检测功能的基础上,特异性地增添了适配RNA IQ检测试剂盒的功能。 需要特别注意的是,RNA IQ检测试剂盒不能在之前版本的Qubit仪器上使用,包括初代版本的Qubit、Qubit 2.0以及Qubit 3.0。 

Invitrogen Qubit 4和RNA质量及浓度检测

RNA IQ与电泳方法的比较

Qubit RNA IQ可为RNA样品的降解与否提供一种快速而简便的方法 (图4)。 如需获取更为具体的RNA片段大小及分布信息,我们依然推荐您使用基于凝胶或微流体的电泳方法。 RNA IQ检测方法可提供与电泳方法相匹配的大小RNA或具有高级结构的RNA比例信息 (图5),但需要注意的是因为计算原理不同,相应的IQ#会与其他质量评估方法得到的结果之间存在差异 (图6)。 推荐对于RNA样品先通过RNA IQ进行检测,然后利用传统的电泳方法来确定检测结果与特定样品或下游应用之间的相关性。 RNA IQ与传统电泳方法之间的最主要区别在于确定RNA样品是否降解所需要的检测时间不同。 凝胶方法相对简单,但检测过程仍需更多时间。 基于微流体的方法不仅需要更多的结果等待时间,通常也需要更为漫长的样品制备过程。(表1)。 

图 4.  通过Qubit RNA IQ检测试剂盒实时监测RNA的降解。  将RNase A与三组100 ng/μL的rRNA溶液重复样品进行孵育,并在特定的时间点加入RNase OUT以抑制RNase的活性。 样品通过Qubit RNA IQ检测试剂盒检测 (货号: Q33221Q33222),Qubit 4荧光定量仪结果。 右图显示了在低浓度RNase条件下的RFU值(右上),其中,随着RNA发生降解,大片段和/或具有高级结构的染料荧光维持在初始信号水平,而小片段RNA染料的荧光信号增强。 下图显示了在高浓度RNase条件下,大片段和/或具有高级结构的染料荧光信号降低较快,而小片段RNA染料的荧光信号增强。 

图 5. 通过Qubit RNA IQ检测试剂盒或Agilent Bioanalyzer™仪器对经RNase处理的rRNA完整性及质量进行评估。 每组100 ng/mL的rRNA (E.coli)溶液中加入了750 fM的Rnase A并在随后不同的时间点加入了RNase OUT,最后通过在Qubit 4荧光定量仪(A)上使用Qubit IQ检测试剂盒或Agilent Bioanalyzer™ Prokaryote Total RNA Nano芯片 (B,C,D)进行检测。

表 1. Qubit 4荧光定量仪与Agilent Bioanalzyer用于RNA样品质量评估的比较。 

仪器与检测试剂盒Qubit 4荧光定量仪及Qubit RNA IQ检测试剂盒Agilent 2100 Bioanalyzer™
及RNA Nano芯片*
检测所需的设备及试剂*
  • Qubit 4 荧光定量仪
  • Qubit RNA IQ检测试剂盒
  •  移液器
  • Qubit分析管
  • Agilent 2100 Bioanalyzer检测仪
  • RNA 6000 Nano检测试剂盒
  • 移液器
  • 小型离心管
  • 芯片启动站
  • IKA涡旋仪
  • 小型离心机
  • 计算机
  • 热盖仪或水浴
  • 无RNA酶的水
设备设置打开Qubit 4荧光定量仪
  • 依次用新的DNA试剂盒替换芯片启动站上的注射器
  • 调整芯片启动站的底盘
  • 调整芯片启动站的注册器夹
  • 调整Bioanalyzer芯片选择器
  • 设置涡旋混合仪
  • 加入芯片前启动软件
样品处理时间:~5 分钟~30-45分钟
样品制备
  1. 加入RNA IQ染料至RNA IQ缓冲液中,制备Qubit RNA IQ工作缓冲液
  2. 加入样品[1-20uL(0.5-1.5ug)]和标准品至Qubit RNA IQ工作溶液中
  1. 制备RNA ladder
  2. 制备凝胶 (包含10min的离心)
  3. 制备凝胶及染料预混液(包含10min的离心)
  4. 加入凝胶及染料预混液至芯片中
  5. 加入marker至芯片中
  6. 加入RNA ladder及样品 (包含1min的IKA涡旋) 

样品稳定性

~1 小时 在5分钟内使用芯片
分析运行时间每个样品 <4 秒每个芯片30分钟
常规维护
  • 每月需要进行密封性测试以检测芯片启动站的性能
  • 对于电泳检测方法: 使用电极清理器来每天清理电极
  • 每月通过使用牙刷及蒸馏水来进行电极的彻底清理
  • 每月一次(或在任何液体溢出后)用异丙醇来清理聚焦滤镜

维护所需要的产品

无 RNaseZAP (电极清理)
*相关信息获取自Agilent G2938-90037及G2946-90003用户手册,以及Thermo Fisher Scientific MAN0017210快速查询卡片。

通过NanoDrop及Qubit联合使用获取完整的RNA样品信息

任何RNA分析的可靠性和可重复性都依赖于足够的RNA质量、浓度及纯度。 基于Qubit 4荧光定量仪的Qubit RNA IQ检测与基于NanoDrop分光光度计的紫外吸光值测定结合起来可为RNA样品的质量、浓度以及纯度的测定提供一种非常快速且简便的方法。 仅需1µL的样品,NanoDrop分光光度计即可直接通过测量在230、260以及280nm处的吸光值,来确定样品中核酸(260nm)、污染蛋白(280nm)以及污染性苯酚或其他有机溶剂的总量。 Qubit RNA XR (拓展范围)及HS(高灵敏度)检测试剂盒还可用于RNA的定量分析。 这些检测试剂盒中包含有可特异性与完整RNA进行结合的染料,从而可用于纯RNA样品或包含在260nm处同样也有吸光值的DNA的RNA样品。 


Qubit 4 荧光定量仪使用指南

选择适合您检测需求的Qubit 4荧光定量仪设置。

Qubit 4 荧光定量仪Qubit 4 Quantitation Starter 试剂盒Qubit 4 NGS Starter 试剂盒Qubit 4 RNA IQ Starter 试剂盒
  • Qubit 4 荧光定量仪
  • Qubit 4 荧光定量仪用户指南
  • Qubit 4 荧光定量仪快速参考卡片
  • 带有4个适配器插头的通用型电源
  • Qubit 4 USB线
  • Qubit 4 USB闪存
  • Qubit 屏幕清洁布
  • Qubit 4 荧光定量仪一个
  • Qubit分析管 (500支)
  • Qubit dsDNA BR检测试剂盒,100次反应
  • Qubit dsDNA HS检测试剂盒,100次反应
  • Qubit RNA HS检测试剂盒,100次反应
  • Qubit RNA BR检测试剂盒,100次反应
  • Qubit RNA IQ检测试剂盒,75次反应
  • Qubit 蛋白检测试剂盒,100次反应
  • Qubit 4 荧光定量仪一个
  • Qubit分析管 (500支)
  • Qubit dsDNA HS检测试剂盒,500次反应 
  • Qubit 4 荧光定量仪一个
  • Qubit分析管 (500支)
  • Qubit RNA IQ检测试剂盒,275次反应
Q33226Q33227Q33228Q33229